Search Posts

Coronavirus-Covid19-Ingeniøren

 

 

Uddrag af artikel i Ingeniøren af Henning Mølsted d. 26. mar 2020

Beregning fra fagfolk: Hele Danmarks befolkning kan coronatestes på fire uger

Med PCR-maskiner på universiteter og private laboratorier kan vi følge smitten. Enten som drive-in eller derhjemme.

Der er så meget testkapacitet til rådighed i Danmark, at man ville kunne teste hele befolkningen to gange på 4 uger. Med det nuværende officielle testniveau vil det tage 3 år.

Det viser beregninger for Ingeniøren, som Ph.D. Rubini Kannangara, ledende molekylærbiolog i biotekvirksomheden River Stone Biotech, og direktør for biotek-konsulentfirmaet ActaBio Finn Okkels, der også har været forskningsdirektør i en række store danske bioteknologifirmaer, har gennemført.

Beregningen viser, at med 24 timers drift skal der kun bruges 100 PCR-maskiner og indsatsen fra 300 laboranter og forskere i fire uger (tre hold pr. døgn) for at analysere hele Danmarks befolkning på fire uger.

Til sammenligning meddelte Sundhedsstyrelsen i marts 2020 at man ville øge testkapaciteten til 5.000 pr. dag. Det svarer til at der vil gå tre år, inden hele befolkningen kan være testet.

Alene på Købehavns Universitet råder man over langt flere end 100 PCR- maskiner. Eksempelvis huser Institut for Plante- og Miljøvidenskab 40-50 PCR- maskiner ifølge de to fagfolk:

 

Covid-19-testen og RT-PCR

»Udtalelser i medierne viser, at en lang række offentlige og private institutioner og meget store firmaer bakker op om, at deres maskiner kommer samfundet til hjælp,« siger Finn Okkels.

»I alt vil der formodentlig kunne blive stillet flere tusinde PCR-maskiner til rådighed, og disse maskiner bruger ikke de reagenser, der har været mangel på til hospitalernes PCR-maskiner.«

 

Virus er simpelt at teste for

Kritikere har fremført, at analyserne ikke vil blive gennemført på de validerede maskiner på hospitalerne.

Hertil svarer Finn Okkels, at der er opnået banebrydende resultater i forskningen på internationalt topplan med PCR-maskiner på universiteter og i det private.

»Derfor kan man med sikkerhed også gennemføre valide analyse for noget så simpelt som en virus,« siger Finn Okkels.

»Maskinerne har en ekstrem fin præcision selv ved meget mere komplicerede analyser – til trods for at de ikke er validerede til hver enkelt af de analysetyper, man laver i et forskningslaboratorium. «

»En virusanalyse, hvor der selv på en fugtig vatpind er store mængde analysemateriale til rådighed er noget af det letteste og fejlsikre, som man kan lave, så risikoen for fejl i form af falsk-negative er virkelig minimal og vil ikke have noget at gøre med, at maskinerne ikke er validerede,« siger han og tilføjer, at falsk negative altid optræder på grund af forkert opsamling af prøvemateriale hos den testede person. Men det problem er det samme med validerede maskiner.

 

Validering er bureaukratisk

◾ Prøven udtages med en speciel vatpind fra patientens næse- eller halsslimhinde i håb om at fange virus materiale, som befinder sig i luftvejene.

◾ I laboratoriet følger oprensning af RNA. Den adskilles fra øvrige cellerester, herunder proteiner, DNA og hvad der ellers er i prøven. Det er der standard-kits og maskiner til.

◾ Herefter tilføjes en buffer, der blandt andet indeholder enzym, som konverterer virus-RNA til tostrenget cDNA.

◾ De såkaldte primere tilføjes. Disse består af syntetiske DNA-fragmenter, som er fremstillet til at genkende og binde til cDNA fra coronavirusset (dvs. virusset SARS-CoV-2 der forårsager COVID-19 sygdommen).

◾ Prøven kommes i en PCR-maskine, som cykler temperaturen op og ned i ca. 3 timer. Ved hjælp af primerne virker dette som en kopimaskine – såkaldt "opformering" – hvis virussens RNA er til stede i prøven fra patienten.

◾ Efter 30-40 cykler er en enkelt cDNA-kopi fra virus blevet til hundrede millioner kopier. DNA'et vil herefter kunne adskilles og påvises ved registrering af en fluorescerende farve.

De SARS-CoV-2 (covid-19)-specifikke testkits fra firmaet Roche indeholder en enkelt væske, hvor primere og prober allerede er tilsat. Denne væske blandes med det oprensede RNA på hospitalslaboratorier.

◾ Hvis eksterne laboratorier skal teste uden COVID- 19-specifikke testkits, skal væsken fra et standard PCR kit blandes med prøven og specifik primer/probe, som genkender virussen. Disse "reagenser" er der ikke mangel på.

◾ Sidstnævnte kan fremstilles på specialiseret udstyr, hvis man har opskriften. Opskriften er i praksis en kode af fire bogstaver, for eksempel AAAGGCCTGCA. Kilde: Center for Diagnostik på DTU m.fl.

»Validering og komplicerede bureaukratiske procedurer, der vil sætte det hele i stå, kan betyde at tusindvis af danskere dør, og at samfundet mister hundreder af milliarder af kroner. Det kan betyde, at der i fremtiden ikke er ressourcer til at behandle tusinder af danskere med livstruende sygdomme. Vi er i denne situation nødt til at være pragmatiske,« siger Finn T. Okkels.

I forhold til sensivitet, altså om PCR-testen er følsom nok til at kunne måle virus, er der ikke noget problem, anfører bioteknologerne. Moderne PCR-maskiner kan finde virusset, hvis der blot er ét RNA-molekyle fra virusset til stede.

Følsomheden er så høj, at man kan blande mange prøver sammen og på den måde i en enkelt prøve påvise, at ingen i en større gruppe er smittede. Denne metode kan bruges, når det handler om de meget store befolkningsgrupper, der ikke udviser sygdomstegn, anfører Rubini Kannangara.

Ved at bruge den store PCR-maskinpark fra landets forskningslaboratorier, kan man også meget lettere gentage forsøgene.

 

Med massetest kan vi hurtigt komme tilbage til dagligdagen

Finn T. Okkels tilføjer, at en PCR-test af hele Danmarks befolkning kan få en stor betydning.

Dels vil anvendelsen af PCR-maskiner markant mindske antallet af danskere, der dør af coronasygdom, fordi man kan fange langt flere, der er smittede, men som ikke opdages i de officielle test, lyder det. Men det kan også få stor betydning for alle andre: »Når arbejdet er gennemført, kan livet i Danmark normaliseres,« siger han.

 

Podningen skal gennemføres korrekt

Det største problem er prøvetagningen af virus, hvor man skal være sikker på at ramme væv, hvor virusset findes, når man opsamler prøven f.eks. med en vatpind.

Denne problemstilling er dog ikke væsentlig forskellig fra de massescreeninger, der laves for sygdomme som livmoderhalskræft og tarmkræft, så det fungerer fint i praksis, anfører han.

»Hvis man ikke rammer det rette væv i svælget, så risikerer man et falsk-negativt resultat. Det kræver en vis omhyggelighed at tage prøven korrekt, men det er ikke mere vanskeligt, end at det kan læres hurtigt, også af laboranter, der ikke arbejder med human prøvetagning til daglig og af folk selv,« siger Finn T. Okkels.

En anden barriere er, at ikke alle universiteter og private forskningslaboratorier er godkendt til at håndtere prøver, som indeholder sygdomsfremkaldende virus. »Det burde kunne løses meget simpelt ved at de indsamlede prøver kun åbnes og inaktiveres på allerede godkendte laboratorier, hvorefter det ekstraherede virus-materiale (RNA/cDNA) sendes videre til analyse på andre universiteter/laboratorier,« siger Rubini Kannangara.

 

Etabler drive-in steder

Rent praktisk foreslår de to fagfolk, at en stor del af prøveindsamlingen kan foregå på drive in-steder rundt omkring i landet og ved at folk selv indsender prøver, som de har taget hjemme. Men en mindre del kan også indsamles ved besøg hjemme hos folk.

Opfordringen fra Finn T. Okkels og Rubini Kannangara falder fint i tråd med anbefalingen fra generaldirektør i Verdenssundhedsorganisationen (WHO), Tedros Adhanom Ghebreyesus, der på det kraftigste har opfordret regeringer om at teste flere for corona.

»Vi kan ikke stoppe denne pandemi, hvis vi ikke ved, hvem der er smittet. Vi har et simpelt budskab til alle lande: test, test, test. Test alle mistænkte tilfælde,« lød det fra WHO-chefen på organisationens pressemøde i marts 2020.

WHO-direktøren tilføjede, at den mest effektive måde at forebygge infektioner og redde liv på er at bryde smittekæderne. Og for at gøre det, må man teste og isolere.

»Hvis man kender alle smittede, og hvis de smittede er i karantæne på f.eks. tomme hoteller, har vi ikke længere pandemi i Danmark. Der vil ikke ske mere smitte,« siger Finn T. Okkels og tilføjer, at tilrejsende også skal testes og isoleres, indtil deres testresultatet foreligger.

»Jeg kunne godt være fortaler for, at vi i det private bare skal gå i gang som en græsrodsbevægelse med at tilbyde test til befolkningen. Er regeringen og styrelserne ikke klar med opbakning bag masse-test på få dage, kan det koste alt for store samfundsmæssige tab. Under sådanne forhold har folk med udstyret og evnerne pligt til at gøre noget.«

 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *


CAPTCHA Image